微生物学。子嚢を形成し、その中で有性胞子（子囊胞子）を作ることを特徴とする真菌の一分類。病原性真菌の大部分は子囊菌に属する。その他に良く知られた子囊菌は、パン、ビール、ワインの製造に用いる酵母（出芽酵母）、アミガサタケ、トリュフなどの食用キノコ、細菌感染症の治療に用いる子囊菌を含む抗生物質（ペニシリンなど）がある。
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